L-цистеинът се използва главно в медицината, козметиката, биохимичните изследвания; Използва се в материали за хляб, за да насърчи образуването на глутен и да насърчи ферментацията, плесените и да предотврати стареенето. Използва се в натурални сокове, за да се предотврати окисляването на витамин С и да се предотврати кафявото на сока. Продуктът има детоксикиращ ефект, може да се използва при отравяне с акрилонитрил, ароматна ацидоза.
